Katedra szczyci się ponad stuletnią tradycją. Już w 1890 r w Uniwersytecie Jagiellońskim powołano w ramach Studium Rolniczego Katedrę Inżynierii Rolnej. Do 1923 r działała ona w strukturze Wydziału Filozoficznego, następnie Wydziału Rolniczego UJ, a od 1953 r Wyższej Szkoły Rolniczej w Krakowie.

W utworzonym w tej Uczelni w 1955 r Wydziale Melioracji Wodnych powołano Katedrę Melioracji Rolnych i Leśnych kontynuującą działalność byłej Katedry Inżynierii Rolnej. W 1994 r przekształcono ją w Katedrę Melioracji i Kształtowania Środowiska.